Dit is het verhaal van een onverwachte ontmoeting tussen Mario en de oneerbiedige Rabbids. Het Mushroom Kingdom is uiteengereten door een mysterieuze vortex, die de Rabbids naar het ooit vredige gebied transporteert en dit geliefde land versplintert. Om de orde in het koninkrijk te herstellen, werken Mario, Luigi, Princess Peach en Yoshi samen met Rabbids-helden in een reis door vier verschillende werelden.